Военно-воздушные этой республики образованы сразу после распада Союзной Югославии. Правда, первоначально в ее составе было только транспортные самолеты для особо важных персон (четыре Злин 242 и по одному Super King Air и Ан-2). Ударный компонент обеспечивали шесть Ми-8\17.
Становление связано с гражданской войной, в которой страна была втянута в 2001 году. Срочно понадобилось вооружение и на помощь пришла Украина, которая в короткий срок поставила 4 Су-25, 4 Ми-8МТВ-1 и 6 Ми-24. Именно эта техника сыграла решающую роль в победе правительственной армии.

Все самолеты базируются на единственном аэродроме страны, пригодном принимать реактивные самолеты - Скопье (столица республики).